A Neo-Tokyo do século 21 foi erguida sobre os escombros de Tóquio, uma cidade destruída por uma criança - o colosso psíquico conhecido como Akira. Akira foi mantido em animação suspensa desde o holocausto, mas outros sobreviventes do programa militar secreto, anciões psíquicos formidáveis em corpos de crianças, sabem que um dia Akira vai despertar. Surgem Tetsuo e Kaneda, membros de uma gangue de jovens motociclistas. Um acidente violento desperta os poderes tele cinéticos dormentes em um furioso e instável Tetsuo, que logo explode em uma revolta psíquica contra amigos e inimigos, e transformando Kaneda de irmão de sangue em inimigo mortal. O misterioso Coronel, líder de "O Projeto", usa uma super droga para manter Tetsuo sobre controle, mas Tetsuo logo se desenvolve além do controle do Coronel e de suas crianças psíquicas - Takashi, Masaru e Kiyoko - e a descoberta da existência de Akira por Tetsuo lhe estimula o desejo de confrontar o superser.
As ruas de Neo-Tokyo estão sob vigilância de patrulhas militares e de sentinelas - robôs zeladores. Kaneda, Kei e Chiyoko - uma mulher de resistência - são traídos por Nezu, que toma Akira para usá-lo como uma arma contra o governo. Chiyoko e os outros lutam para escapar da morte e recapturam Akira, mas as forças do Coronel os cercam, e Akira se reúne com seus velhos amigos Masaru, Kiyoko e Takashi. Tentando matar Akira para que ninguém o use, Nezu atira em Takashi, cuja morte liberou os poderes de Akira. Depois de uma onda cataclísmica que devastou Neo-Tokyo, Tetsuo aparece e se une a Akira.
Surge o Grande Império de Tóquio, seguidores loucos de Akira sob o controle maléfico de Tetsuo, que planeja neutralizar as crianças psíquicas e Lady Miyako, outra sobrevivente do Projeto cujo templo se tornou um oásis para refugiados. Tetsuo administra a super droga em "voluntários". Os poucos que sobrevivem tornam-se a tropa de choque psíquica de Tetsuo, que capturam e executam um grupo de agentes de inteligência militar. Um operativo, Yamada, evita ser capturado.
Kei, Chiyoko e Ryu, junto com os incapacitados Masaru e Kiyoko, sobreviveram à fúria de Akira, mas Kaneda foi aparentemente morto. Chiyoko e Kei vão atrás da ajuda de Miyako, que entrega a super droga para ser dada a Masaru e Kiyoko e as instrui para que eles sejam trazidos até ela. Enquanto isso, Ryu encontra Yamada e se oferece para ajudar o agente. Sem nenhuma proteção, Masaru e Kiyoko são raptados por espiões do Império. Kei e Chiyoko os enfrentam e libertam Masaru, mas os raptores de Kiyoko escapam. Kei segue com Masaru até o templo enquanto Chiyoko vai atrás de Kiyoko.
Por diversão, Tetsuo dá a droga para algumas jovens. Todas morrem exceto uma, Kaori, que não ingeriu a pílula. Ela se torna a companheira de Tetsuo e babá de Akira. Tetsuo sente que Akira está manipulando seus pensamentos, e quando ele confronta a criança, Akira mergulha Tetsuo no redemoinho caótico de sua mente. Tetsuo recua aterrorizado, mas ele eventualmente se recupera e vai atrás de Miyako, que conta a ele sobre o Projeto e como a super droga atualmente inibe seu desenvolvimento. Sem a droga, ele pode ficar no mesmo patamar que Akira, o que Miyako sente que secretamente é o único modo de controlar a super criança.
Chiyoko recaptura Kiyoko, mas é encurralada e gravemente ferida. As duas são resgatadas pelo Coronel e levadas até um laboratório ainda intacto. O coronel coloca Kiyoko dentro de um robô zelador e começa a árdua jornada até o templo de Miyako. Ele leva consigo um dispositivo de mira para o satélite SOL.
Tetsuo entra em um redemoinho de agonia. Seu tenente organiza um ataque ao templo de Miyako. Muitos inocentes morrem, mas o ataque é finalmente repelido pelos poderes psíquicos dos sacerdotes do templo. Tetsuo aparece para Ryu e Yamada, dizendo a eles sobre a chegada da frota americana. Yamada tenta atirar em Tetsuo, que o para facilmente e então desaparece. Enquanto o Coronel se aproxima do templo, O Império ataca novamente. Encurralado, o Coronel prepara-se para disparar o satélite SOL. Kei, Masaru, Miyako e seus monges se refugiam na torre do templo, mas um agonizante Tetsuo aparece implorando por drogas. Quando o superlaser de SOL é disparado, Tetsuo se lança ao ar, liberando seu poder e lançando edifícios destruídos como se fossem brinquedos. Mas Tetsuo continua, transcendendo tempo e espaço, revivendo seu nascimento, e eventualmente chegando até... Akira. Tetsuo se ajoelha diante de seu mestre.
Kaneda, ferido e surrado, mas ainda respirando, emerge dos destroços e se reúne com Kei e seu velho amigo Kaisuke no templo de Miyako. Momentos depois, o ferido Coronel chega com Kiyoko, e Miyako os conduz à Kei para dentro. Kiyoko e o Coronel são atendidos, mas mais tarde o coronel diz à Kei que ele pretende concluir sua missão, usar SOL para destruir Tetsuo e Akira. Kei, preocupada com Chiyoko, concorda em acompanhá-lo, e eles saem em segredo rumo ao esconderijo do Coronel.
Kaisuke leva Kaneda pela cidade baixa em torno do templo até um velho adversário dele, o Coringa, com quem desenvolve um plano de libertação. Miyako convoca Kaneda e implora para que ele encontre Kei. Kaneda e Kaisuke "pegam emprestadas" as motos reconstruídas do Coringa e vão atrás dela. Soldados do Império, tendo seguido Kei e o Coronel, invadem o esconderijo. Kei é atacada por um psíquico do Império antes que o Coronel possa matá-lo. Kaneda e Kaisuke, guiados por uma projeção psíquica de Kei, chegam e seguem com a operação de entregar Kei e Chiyoko ao templo de Miyako.
Enquanto a força-tarefa dos Estados Unidos se prepara para entrar em ação, cientistas a bordo do navio de comando estudam freneticamente o fenômeno em volta da emergência do "Jovem A" - ou seja, Akira. Um tsunami psiquicamente induzido atinge o navio, e Tetsuo se materializa entre os cientistas. Ele conversa com eles brevemente antes de demonstrar seu poder, ferindo gravemente um dos cientistas, e então desaparece.
Yamada recupera uma encomenda aérea, um sistema de armas bioquímicas, na intenção de destruir Akira - e qualquer outro sem sorte que ficar no caminho. Ryu tenta impedir Yamada, mas é nocauteado. Tetsuo retorna à fortaleza de Akira, onde seu auxiliar o convence a reunir os cidadãos do Império, cujo fervor diminuiu diante da liderança mais benigna de Miyako. Reunidos no Estádio Olímpico, os cidadãos do Império contemplam uma demonstração de poder, que culmina com Tetsuo abrindo uma imensa cratera na lua! A fé aumenta, mas os efeitos de tão grande destruição causam ondas massivas que inundam a cidade. Com Tetsuo se tornando uma ameaça potencialmente maior que Akira, Miyako decide Lutar com ele usando Kei como foco para os poderes combinados de seus aliados psíquicos. Para proteger Kei, Kaneda planeja matar Tetsuo primeiro, alistando seus velhos amigos da gangue. Coringa consegue consertar com sucesso uma plataforma voadora militar, e se seu bem guardado arsenal, ele produz um rifle laser para Kaneda usar contra Tetsuo.
Um esquadrão especial para assassinar Akira se une a Yamada, e os americanos violam a segurança de SOL para tomar controle da arma. Um cientista do Projeto impede que o sistema seja invadido, dando ao Coronel tempo para destruir Tetsuo antes que SOL risque Neo-Tokyo do mapa. O Coronel encontra Tetsuo - com seu corpo sofrendo horríveis mutações por causa do Poder - mas Tetsuo desaparece antes que o Coronel possa atirar nele. Tetsuo ataca a frota americana, causando uma incrível destruição, incluindo o disparo de armas nucleares. Enquanto Tetsuo se enfurece no deque do navio de comando, Kei aparece e ajuda Miyako a atingir Tetsuo com um míssil errante. Tetsuo sobrevive e contra-ataca, mas Kei desaparece, e Tetsuo faz o mesmo.
A gangue chega ao Estádio Olímpico. Enquanto o Coringa vigia do alto em uma plataforma voadora, Kaneda e Kaisuke lideram os motociclistas em terra num robô-zelador. O Coronel finalmente encontra Tetsuo, e utiliza o dispositivo de mira para disparar SOL. Reagindo ao ataque, Tetsuo sofre mutações grotescas e se torna um ser disforme gigantesco. O Coringa surge e tenta detê-lo atirando com a metralhadora da plataforma voadora, mas não é o bastante para matar Tetsuo. Kei aparece e perfura o corpo monstruoso de Tetsuo até que ele se despedace e se reconstrua, retornando à sua forma original.
Enquanto isso, o tenente de Tetsuo planeja eliminar seu mestre utilizando Akira como arma. Kaori põe-se em seu caminho, e ele a mata. Yamada e as forças especiais surgem e atacam os psíquicos do Império com armas químicas. Tetsuo, pressentindo a morte de Kaori, vai até o local. Os militares utilizam um gás de bactérias para tentar matá-lo, mas este só funciona como uma droga para dar a Tetsuo o controle de seus poderes e de sua mutação. Os demais membros do Império morrem devido às armas químicas. Tetsuo mata Yamada e suas forças especiais. Em seguida, Kaneda e Kaisuke surgem no robô-zelador. Kaneda ordena que Kaisuke leve Akira para longe e encara Tetsuo em um confronto, armado com um rifle laser. Kei aparece para ajudá-lo, mas é ferida.
Aviões militares americanos começam a bombardear a cidade. O plano é destruir Neo-Tokyo com Akira e Tetsuo dentro. Enquanto isso, Tetsuo e Kei se enfrentam. Tetsuo transforma o corpo de Kei em um centro de gravidade, e ela quase é esmagada. Kaneda aproveita o momento de distração de Tetsuo para nocauteá-lo. Os militares utilizam o canhão laser do satélite FLOYD e disparam em Neo-Tokyo. Tetsuo voa até o satélite e o derruba, guiando sua queda até o navio de comando da frota americana. O navio afunda e os sobreviventes escapam em botes salva-vidas.
Tetsuo leva o corpo de Kaori até a prisão criogênica de Akira, sendo seguido de longe por Ryu. Kaneda, Coringa e Akira se direcionam ao local, encontrando com Chiyoko caminho. Logo em seguida, Ryu se une ao grupo. Lá embaixo, Tetsuo sofre em silêncio pela morte de sua companheira, quando Kei chega ao local. Tetsuo sofre mutações e se torna novamente um monstro gigante.
O resto do grupo chega ao local para salvar Kei. Tetsuo implora por ajuda, e em mais uma transformação, prende Kaneda entre seus órgãos e músculos disformes. Ryu se encarrega de afastar Akira de Tetsuo para que não haja sincronia entre seus poderes e o mundo não seja destruído. Porém, tal evento parece inevitável, e a destruição começa. Assustado, Ryu atira em Akira, quebrando a ligação. Uma enorme viga de ferro cai em cima de Ryu, e ele morre. Tetsuo percebe a presença psíquica de Miyako, Masaru e Kiyoko e vai até eles, destruindo o templo. Miyako convoca Kei até o local e se prepara para a batalha. Com a ajuda de seus monges psíquicos, ela segura Tetsuo enquanto Kei se prepara. Ela voa até o satélite SOL e, guiada por Lady Miyako, dispara o laser em Tetsuo.
Tetsuo desperta seu poder máximo e inicia uma destruição semelhante àquela causada pelo despertar de Akira. Para evitar mais uma catástrofe, Masaru e Kiyoko convencem Akira a utilizar seus poderes supremos para absorver o corpo e a mente de Tetsuo definitivamente. Consequentemente, Kaneda também começa a ser absorvido por Akira. Durante o evento, Kaneda tem acesso às lembranças de Tetsuo, e encara todos os momentos ruins pelos quais seu amigo passou. Ao mesmo tempo, Kaneda percebe o quanto era importante para Tetsuo, e o quanto Tetsuo era importante para ele. Kei surge em forma espectral para resgatar Kaneda antes que ele seja absorvido por Akira.
O final mostra uma nova Neo-Tokyo governada pelo Império de Tóquio, agora liderado por Kaneda, que recusa o apoio ou a intervenção do governo e declara a cidade um império independente. Assim, Kaneda segue pelas ruas de Neo-Tokyo sempre tendo na lembrança seus bons e velhos companheiros de gangue.
Personagens
- Shotaro Kaneda (Kaneda Shōtarō) — O protagonista. Kaneda é um punk que modificou a sua moto para as suas próprias características. Kaneda é igualmente o líder de uma gang de motos. Com o objectivo de salvar Kei, ele junta-se a um grupo de guerrilha antigovernamental que tenta encontrar o misterioso akira.
- Tetsuo Shima (Shima Tetsuo) — É o melhor amigo de Kaneda desde a escola primária. Sua relação com Kaneda é uma mistura de admiração com inveja. Tetsuo gostaria de um dia liderar a gangue. Depois de um acidente traumático ele transforma-se no arquiinimigo de Kaneda.
- Kei conhecida como Kay — É uma mulher que Kaneda conhece no seu percurso para encontrar Tetsuo. Ela é um membro de uma organização antigovernamental na qual Ryo e Nezu estão envolvidos.
- Masaru, Kiyoko and Takashi — Os três "números", Takashi é o causador de todo do início do enredo. Kiyoko é o Número 25, Takashi é o Número 26, e Masaru é o Número 27.
- Akira — O mais poderoso dentre as crianças psíquicas. Ele foi o causador da III Guerra Mundial. Ele é o Número 28.
- Nezu — É um infiltrado no Governo. Ele é o responsável pelo rapto de Takashi, no entanto ele não rapta pessoalmente Takashi.
- Kai — É um membro da gang "capsules", que costuma seguir Kaneda sem se envolver demansiadamente com o que quer que seja.
- Coronel — É o diretor do projeto Akira.
